Командування
Управління забезпечення діяльності Голови Державної прикордонної служби України
Управління кадрів
Управління режиму і захисту інформації
Сектор по взаємодії з Верховною Радою України, Адміністрацією Президента України, Кабінетом Міністрів України
Департамент охорони державного кордону:
- управління планування, оборонної, мобілізаційної роботи та організації антитерористичних заходів
- управління морської охорони
- авіаційне управління
- управління прикордонної служби
- управління прикордонного контролю та реєстрації
- управління по роботі з іноземцями, дізнання та адміністративного провадження
- управління зв’язку та інформатизації
- управління аналізу, оцінки ризиків та статистики
- кінологічний відділ
Міжнародно-правовий департамент:
- управління міжнародного співробітництва
- управління правового забезпечення
- управління контролю та документального забезпечення
Департамент оперативної діяльності:
- управління організації оперативно-розшукової діяльності
- управління боротьби з транскордонною злочинністю та виконання завдань кримінального провадження
- управління кримінального аналізу та інформаційно-аналітичного забезпечення
- відділ оперативно-технічного забезпечення оперативно-розшукової діяльності
- сектор документального забезпечення та контролю
- обліково-довідковий сектор
Департамент персоналу:
- управління по роботі з персоналом
- управління підготовки персоналу
- управління внутрішньої безпеки
- сектор технічного нагляду та охорони праці
Департамент матеріально-технічного забезпечення:
- управління інженерного та технічного забезпечення
- відділ організаційно-планової роботи
- управління тилового забезпечення
- управління охорони здоров’я
- управління будівництва та інвестицій
- сектор технічного співробітництва та державних закупівель
- сектор метрології і стандартизації
Фінансово-економічний департамент:
- організаційно-нормативний відділ
- бухгалтерський відділ
- розрахунково-касовий відділ
- відділ з питань методології пенсійного забезпечення
- фінансово-плановий відділ
- відділ фінансової експертизи
- сектор цінової політики
Департамент внутрішнього аудиту
- відділ фінансового аудиту
- відділ аудиту державного майна (технічного)
- відділ аудиту державного майна (тилового)
- аналітично-плановий відділ
Джерело http://dpsu.gov.ua/ua/about/structure/structure_1.htm